akatsukiMuito pouco se sabe sobre este personagem mas estima-se que ele seja bastante poderoso. Pain possui a habilidade de criar cópias perfeitas de outros ninjas conservando até mesmo os poderes únicos da linhagem avançada de cada um. Pain também possui a habilidade de trocar de corpo através de uma máquina sendo 6 o número total de corpos que ele pode utilizar.
Em todos os corpos de pessoas que ele armazena,ele veste uma roupa da akatsuki.Os corpos são selecionados de acordo com as necessidades para a batalha, mas todos possuem vários piercings e círculos cinzas em torno das pupilas (o Rin'negan). Pain (Nagato), Yahiko e Konan foram discípulos de Jiraya. Konan em certo ponto mencionou que Pain jamais perdeu uma luta. Possui um doujutsu lendário chamado Rin'negan que está no rank de melhor dos 3 doujutsus existentes.
Quem possui o Rin'negan de verdade, consegue usar qualquer ninjutsu que bem querer, e também, que provavelmente o criador do mundo shinobi (o ninja que deu origem aos ninjutsus) possuia essa técnica ocular.Pain, se acha um "Deus" pelo seu grande poder, e também porque está sempre evoluindo. Aparentemente um dos corpos que Pein usa é o de Yahiko, seu antigo amigo. Konan aparenta ser o braço direito de Pain.
Konan
Até o presente momento só se sabe que ela tem cabelo azul, com um ornamento em forma de flor branca feito de papel (origami) e um piercing acima do queixo. A missão dada para ela foi capturar a Kyuubi no Youko de Uzumaki Naruto, junto com Pain, que está sempre acompanhado a ela. Seu único jutsu conhecido é de manipular e se tranformar em origamis. Também se sabe que foi aluna de Jiraya junto com Pain(Nagato).
ANBU:Um homem, de nome Danzou, era um dos possíveis candidatos à Hokage na época das Grandes Guerras Ninja Hokages, mas Sarutobi foi escolhido como Hokage, o que desagradou Danzou. Desde então ele começou a criticar a maioria das ações do Hokage, já que suas idéias eram diferentes das do Sandaime Hokage. Enquanto o este era pacifista e calmo, aquele era um militar linha dura, que queria mostrar sua hegemonia por meio de guerras.
Para atrapalhar mais a vida de seu inimigo, Danzou, respeitado e um dos líderes da ANBU, criou a ANBU Raíz (ANBU NE). O nome é uma metáfora: a grande árvore (o vilarejo de Konoha, que significa folha), tem várias folhas (ninjas), e essa organização trabalha embaixo da árvore, a raíz da arvore.Ele juntou ninjas jovens, fortes, sendo tudo ultra-confidencial. Eles fizeram missões, só que depois de algum tempo essa organização deixou de existir, ou foi assim que pensou Sarutobi. Danzou continuou seus planos. Com a morte do Hokage, ele esperava assumir o posto.
O conselho, porém, apontou Jiraya, que não quis e apontou Tsunade. Ela voltou para Konoha e virou a nova Hokage. Danzou ficou nervoso com ela lá: era neta do primeiro Hokage e aluna do Sarutobi, e como tal agia que nem os dois.
Danzou treinou um garoto de nome desconhecido (que para essa missão ganhou o nome Sai) para que ele não tivesse sentimentos e estivesse pronto para a maior missão dele, a mais importante. Danzou colocou Sai no time Kakashi, junto com o jinchuuriki da Kyuubi, Uzumaki Naruto, na missão de pegar e levar para Konoha o espião que Sasori (da Akatsuki) colocou infiltrado no Orochimaru.
Assim começou a missão de Sai, observando a luta de Uzumaki Naruto e Orochimaru. Quando ela acabou, Sai se aproximou de Orochimaru com uma mensagem. Assim que leu a mensagem, Orochimaru disse que Sai pode ir com ele. O objetivo de Danzou é a destruição de Konoha, sendo um de seus principais movimentos a aliança com Orochimaru.Tendo como verdadeira missão matar o Uchiha Sasuke que estava sendo treinado por Orochimaru.
Sai mudou sua missão após um belo discurso de Naruto sobre amizade como tinha por Sasuke e sua intenção de trazê-lo de volta a Konoha. Então Sai passa a ajudar o Naruto a trazer Sasuke de volta a Konoha.
